1、形态特征不同：新疆棉花品质优良，各项指标超过国家标准，普通棉花质量比先将棉花略差;2、产地不同：新疆棉花的主要产地是新疆吐鲁番盆等区域，普通棉花中国有广泛分布;3、线密度不同：新疆棉花纤维长度为34.37毫米，普通棉花为33毫米。

　　1、形态特征不同

　　新疆棉花的品质极为优良，根据测算得出，它的各项指标都超过了国家的标准，特别是吐鲁番的棉花，洁白富有光泽，纤维也十分柔软，而普通的棉花大多呈纤维白色，有的是白中带黄，虽然柔软但是和新疆棉有一定的差距。

　　2、产地不同

　　新疆棉花的主要产区是新疆吐鲁番盆里、塔里木盆地的阿克苏、喀什等地，这些地方也是我国重要的长绒棉产区，而普通棉花在世界各地都有种植，除了中国之外，还有美国、印度、埃及等，我国普通棉花的产地分布在江淮平原、江汉平原、华北平原等。

　　3、线密度不同

　　根据统计，新疆的长绒棉纤维长度一般在34.37毫米左右，细度为7080米每克，强度为4/84克，而一般的棉花纤维长度在33毫米左右，线密度范围为6500-8500公支左右，强力在在4.5厘牛顿左右。